La analisi della biodiversità dello zooplancton è un elemento cruciale nel monitoraggio degli ecosistemi marini e della risposta delle comunità alle alterazioni ambientali. Il DNA metabarcoding tramite sequenziamento di seconda generazione sta emergendo come un importante strumento per il monitoraggio della biodiversità (Taberlet et al., 2012). Con tale tecnica è infatti possibile identificare una vasta gamma di taxa in tempi molto più rapidi rispetto al classico approccio morfologico, permettendo quindi di incrementare lo sforzo di campionamento (frequenza temporale e copertura spaziale) a costi sostenibili (Brannock et al., 2014; Coissac et al., 2012).
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